Secara historis Desa Nusantara Jaya dahulunya berada pada wilayah Kotabaru Reteh Kecamatan Keritang, yang pada saat itu dibawah pimpinan seorang Kepala Desa bernama Muhammad Yunus yang sekarang menjadi salah satu tokoh masyarakat di Kotabaru Reteh di Kecamatan Keritang, kemudian dikarenakan Desa Kotabaru Reteh sangat luas dengan azaz mempercepat pembengunan maka pada masa pimpinan Pak Ramli S. yang pada saat itu wilayah Desa Nusantara Jaya ada 8 (delaoan) Dusun atas Prakasa 16 orang dari tokoh -tokoh yang ada diwilayah utara Desa Kotabaru Reteh diantaranya, Bpk. Jayusman Yusuf, Bpk. Masdarik Hasan, Bpk. Jangut Alm, Bpk. Naharudin, Bpk. Busri, Bpk. Asmuri / Janggut sehingga tahun 1988 diajukan pemekaran dengan 3 (tiga) nama yaitu Desa Nusantara Jaya, Desa Pinang Teluk, Desa Kuala Proyek, kemudian setelah diadakan musyawarah maka yang menjadi pilihan adalah Desa Nusantara Jaya, nama Nusantara Jaya disimbulkan dengan berbagai etnis / suku yang ada di Nusantara Jaya akhirnya pada tahun 1999 pengajuan pemekaran tersebut disetujui oleh Pemerintah dan dipenitipkanlah Desa Nusantara Jaya sebagai Desa yang dipimpin oleh pejabat sementara yaitu, Bpk. Hamdan Yani mempin selama 4 tahun.
kemudian pada bulan Desember tahun 2002 Desa Nusantara Jaya menyelenggarakan pemilihan Kepala Desa yang pertama kali yang pada saat itu dimenagkan oleh Bpk. Jayusman Yusuf dilantik pada tanggal 17 Maret 2003 dan berakhir pada tanggal 01 Januari 2010
Pada bulan November 2009 diselenggrakannya Pemilihan Kepala Desa kedua yang pada saat itu dimenangkan oleh Bpk. Syarifudin, A.Said, Desa Nusantara mengadakan Pemekaran yaitu daerah bagian Utara yang diberi nama Desa Lintas Utara.
Pada bulan Juni 2017 diselenggarakannya Pemilihan Kepala Desa ke tiga yang pada saat itu dimenangkan oleh Bpk. Syamsul Mu'arif, S.P.d Priode 2017 s.d 2023.
Pada 21 Agustus 2023 diselenggarakannya Pemilihan Kepala Desa ke empat yang pada saat itu dimenangkan oleh Bpk. Syamsul Mu'arif, S.P.d Priode 2017 s.d 2023.
